L’École navale forme les élèves officiers en fonction des besoins présents et futurs en officiers de la marine nationale. Futurs chefs militaires et cadres de la nation, les élèves officiers y reçoivent une formation qui leur permettra d’exercer leurs responsabilités dans un environnement interarmées et international, de devenir des spécialistes de la mer sachant mettre en œuvre des systèmes d’armes complexes.
Pour qu’ils puissent mener à bien cette mission, leur formation repose sur trois domaines représentant chacun un volume horaire sensiblement équivalent : la formation humaine et militaire, la formation aux métiers de marin et la formation aux métiers de l’ingénieur.
 
 
Comprendre, commander, communiquer sont les trois orientations de la formation humaine et militaire. Celle-ci contient, d’une part, l’apprentissage des sciences humaines et des langues et d’autre part, une instruction militaire et sportive.
- agir et commander en s’appuyant sur une bonne condition physique, en développant une autonomie personnelle et des méthodes d’action en groupe, en cultivant le sens des relations humaines, la volonté, l’endurance, l’esprit de décision et la culture du résultat,
- comprendre les ressorts du monde, de la société et des institutions dans lesquels l'officier de marine déploiera son action en privilégiant une approche globale et pluridisciplinaire,
- communiquer, ce qui suppose un bon esprit de synthèse, une maîtrise de la langue française dans les différents modes d’expression, d’élaboration et de diffusion des idées, mais aussi une bonne aisance dans l’emploi de la langue anglaise.
 
 
La formation aux métiers de marin a pour objectif de former les élèves officiers aux fonctions :
- d’ingénieur de quart (production d’énergie, propulsion du navire, maîtrise des sinistres et préservation des capacités de combat).
Les élèves naviguent sur des bâtiments écoles (10 BE) et sur les goelettes Etoile  et Belle Poule. Ils passeront dans leur scolarité hors GEAOM plus de 12 semaines en mer. La pratique de la voile sportive développe le sens marin et l’esprit d’équipage. Pour cela, l’École met à disposition des élèves dix J 80, quatre Sunfast 32 un catamaran de 45 pieds et deux Open 5.70.
D’autres outils très performants sont mis à la disposition de cet enseignement : des moyens de simulation et des moyens techniques en salle de travaux pratiques L’École navale abrite en particulier un simulateur de navigation moderne sur lequel les élèves s’entraînent avant chaque période de mer. Il permet de simuler des conditions d’environnement élémentaires ou complexes : navigation en groupe, situation de brume, courants et vents violents, de jour comme de nuit.
La formation aux métiers de marin se prolonge à l’EAOM où sont délivrées les qualifications d’officier de quart opérations.